1 września 1939 roku krośnieńskie lotnisko zostało zbombardowane, a lotnicy, którzy przeżyli po wejściu wojsk niemieckich, zostali aresztowani i w noc grudniową, wbrew konwencjom międzynarodowym, rozstrzelani przez Niemców na skarpie franciszkańskiej, inni zginęli w Katyniu. Niektórzy już w pierwszych dniach wojny zorganizowali oddziały walczące z hitlerowcami i byli pierwszymi przewodnikami dla grup żołnierskich udających się na Węgry.
Podczas okupacji Niemcy wykorzystywali wszystkie trzy, jako strategiczne lotniska w wojnie z ZSRR. Startowały z nich eskadry samolotów bombowych. We wrześniu 1944 roku, Niemcy wysadzili obiekty na krośnieńskim lotnisku. Warto dodać, że w chwili wybuchu wojny wszystkie szybowce zostały ukryte i szczęśliwie przetrwały całą okupację. Mimo silnych represji, np. na pracującej w kasynie wywiadowczyni AK Krystynie Samborskiej „Zuch”, udało się przechować 4 szybowce w hangarze Aeroklubu na terenie Kopalni Mac Allan, które w czasie, gdy toczyły się „boje w Dolinie Śmierci, latały w tych okolicach”. W październiku 1944 roku wznowiono loty sportowe, a 10 października 1945 reaktywowano pracę Aeroklubu. W Zakładach Fryderyka Tenerowicza uruchomiono pierwsze w Krośnie Lotnicze Zakłady Naprawcze. W 1958 r. przeniesiono z Wrocławia do Krosna Centrum Wyszkolenia Lotniczego a w 1968 r.