Na początku 1204 kolejny przewrót pałacowy wyniósł na tron Aleksego V Murzuflosa. Łacinnicy zostali wyparci z Konstantynopola, ale byli już zdeterminowani wziąć miasto siłą. Skuteczny okazał się atak z 12 kwietnia, kiedy krzyżowcom udało się zdobyć mury. Baldwin zajął porzucone namioty cesarskie (cesarz Aleksy V uciekł z miasta). Następne dni to czas plądrowania miasta i rzezi ludności. Trwało to do 16 kwietnia. Przystąpiono natychmiast do organizacji nowego państwa.
Cesarz łaciński Koronę cesarską zaproponowano najpierw Henrykowi Dandolo, który jednak odmówił jej przyjęcia. Kolejnymi kandydatami byli Baldwin i markiz Bonifacy z Montferratu. O rywalizacji między hrabią a markizem świadczy umowa z okresu między 25 kwietnia a 9 maja, mówiąca, że zwycięzca nada drugiemu kandydatowi dobra lenne w Azji Mniejszej i na jakiejś „wyspie w Grecji”. Większe szanse na cesarską koronę miał Bonifacy, cieszący się poparciem krzyżowców i ludności Konstantynopola. Kandydatura potężnego markiza nie odpowiadała jednak Wenecjanom. Na elekcji, która odbyła się 9 maja, jeden z weneckich elektorów, Pantaleon Barbo, zgłosił kandydaturę Baldwina. Po kilkugodzinnej dyskusji biskup Nevelon z Soissons obwieścił ludowi wybór Baldwina na cesarza łacińskiego Konstantynopola.