Pomimo opracowania materiałów zdolnych wytrzymać tak wysoką temperaturę, jej długotrwałe działanie spowodowałoby stopienie rdzenia reaktora.
Opracowany przez General Electric dla X-6 reaktor miał być chłodzony wodą, a pręty paliwowe o masie 65 kg, wykonane z dwutlenku uranu miały być umieszczone w przekładkach ze stali nierdzewnej. Cztery silniki odrzutowe J53 zamontowane przy reaktorze miały go chłodzić powietrzem przepływającym przez sprężarki silników. Masa całej instalacji miała wynosić około 58 ton, z czego 27 ton ważyły osłony antyradiacyjne. Silniki napędzane ciepłem reaktora miały być zamontowane w komorze bombowej w wystającej gondoli pod kadłubem. Przedział załogi planowano odizolować płytą stalowo-ołowianą o grubości 10 cm, ale okazało się, że promieniowanie i tak przez nią przenikało. Ponadto nie tylko załoga była narażona na szkodliwe działanie promieniowania, ale także inne części samolotu, np. guma opon pod wpływem radiacji stawała się albo bardzo twarda i krucha, pękając jak szkło, lub przeciwnie – bardzo miękka i rozpływająca się.