uszkodzona w porcie bliskim wybuchem bomby zrzuconej przez samoloty z I/KG 54 i odłamkami dalszych bomb. Ranny został m.in. dowódca kmdr. Nicholl. Podczas remontu działa przeciwlotnicze krążownika broniły Malty. Z powodu licznych uszkodzeń od odłamków, zyskał on wówczas przezwisko od załogi HMS „Pepperpot” (HMS „Pieprzniczka”). Prowizorycznie naprawiona, „Penelope” została skierowana w pierwszej połowie kwietnia do Gibraltaru, skąd została wysłana na gruntowny remont do Nowego Jorku w USA, trwający od 19 maja do 1 września 1942.
Morze Śródziemne 1943-1944 Po pracach wykończeniowych w Portsmouth w Wielkiej Brytanii, krążownik osiągnął gotowość na początku 1943 i został pod dowództwem kmdr. George Belbena ponownie skierowany na Morze Śródziemne, w skład 12. eskadry krążowników Zespołu Q bazującego w Cap Bonie, w którego składzie była m.in. bliźniacza HMS „Aurora”. 1 czerwca „Penelope” wraz z niszczycielami „Paladin” i „Petard” ostrzeliwała baterie nadbrzeżne na Pantellerii, przy czym została raz sama trafiona ogniem z brzegu. 8 czerwca ponownie ostrzeliwała Pantallerię, a 10 czerwca wspierała desant na tej wyspie z krążownikami HMS „Aurora”, „Orion”, „Newfoundland”, „Euryalus” (operacja Corkscrew). 12 czerwca ostrzeliwała z krążownikami „Orion” i „Newfoundland” pozycje na wyspie Lampedusa.