Po powstaniu Sewastopola w 1783 roku Taganrog stracił znaczenie wojskowo-strategiczne i stał się największym portem handlowym w Rosji. Do rozwoju miasta przyczyniły się bliskość obszarów rolnych. Działał handel pszenicą, lnem, kawiorem, konopiami. W mieście funkcjonowało 15 zagranicznych konsulatów. W 1869 roku Taganrog został połączony koleją z Charkowem i Rostowem.
W XIX wieku miasto było centrum handlu, z tego okresu zachowały się pałace włoskich i greckich kupców. Pod koniec XIX wieku zaczął się rozwijać przemysł, głównie metalurgiczny, produkowano tutaj kotły, maszyny budowlane. W 1908 roku została zbudowana w pierwsza elektrownia.
Zimą 1917/1918 w Taganrogu pod nazwiskiem Greka ukrywał się dowódca imperialnego wojska, generał Paul von Rennenkampf. Po odmowie wstąpienia do Armii Czerwonej został aresztowany przez Czeka i rozstrzelany (1 kwietnia 1918). Zbiór chińskiej sztuki zabrany Rennenkampfom znajduje się obecnie w lokalnym muzeum ().