Kaplice Strona prawa od wejścia: Kaplica Wygnańców (dawniej św. Jana Nepomucena i Częstochowska) – zbudowana przez biskupa Wojciecha Tabora w 1495 r. Nad kaplicą znajdowała się wieża zegarowa, która runęła w XVIII wieku niszcząc wnętrze. Po tej katastrofie kaplica została odbudowana przez biskupa Massalskiego po 1781 r. i następnie biskupa Jana Nepomucena Kossakowskiego, który został w niej pochowany co upamiętniono tablicą nagrobną po lewej stronie. Kaplica Ukrzyżowanego Zbawiciela (Gasztołdowska) – odnowiona w XVII w. przez kanonika Benedykta Żuchorskiego. Do 1945 roku znajdowały się w niej dwa renesansowe nagrobki biskupa Pawła Holszańskiego i kanclerza Olbrachta Gasztołda. W 1989 roku w kaplicy umieszczono obraz Madonny Sapieżyńskiej w otoczeniu świętych franciszkańskich: św. Franciszka i św. Bernardyna. Obraz poprzednio znajdował się w Kościele św. Michała, wzniesionego jako rodzinne mauzoleum w latach 1594–1625 z polecenia Lwa Sapiehy, a wcześniej w Kościele Bernardynów, gdzie od XVI w. zasłynął łaskami i cudami. Jego kult oficjalnie potwierdzono w 1699 r. W dniu 8 września 1750 r. obraz został koronowany przez biskupa Michała Jana Zienkowicza koronami przesłanymi przez papieża Benedykta XIV (korony i sukienka nie zachowały się). Kaplica św.