Był również selekcjonerem olimpijskiej reprezentacji Brazylii.
W lecie 2005 roku powrócił do Francji, gdzie objął zwolnione przez Michela Pavona stanowisko trenera Girondins Bordeaux. W ciągu dwu lat pracy zdobył wicemistrzostwo kraju oraz Puchar Ligi.
Od czerwca 2007 roku do 2009 roku był szkoleniowcem AS Monaco. Z kolei w latach 2009-2010 pracował w São Paulo FC. W latach 2011-2014 pracował w Vasco da Gama, najpierw jako pierwszy trener, następnie jako kierownik zespołu. Od 22 lipca 2015 do 6 sierpnia 2016 był trenerem Botafogo. 15 sierpnia 2016 został trenerem Sao Paulo, a został zwolniony 23 listopada.
Przez cztery spotkania od 1 lipca 2017 do 22 września 2017 był pierwszym trenerem saudyjskiego Al-Nassr. W 2018 roku był dyrektorem sportowym w Santos. 5 września 2018 roku wrócił do Francji, aby zostać kierownikiem zespołu w Girondins Bordeaux, odszedł 26 lutego 2019 roku.
Od 6 stycznia do 7 lutego 2022 był kierownikiem drużyny w Club Athletico Paranaense. Ostatnio w 2023 roku był koordynatorem reprezentacji Brazylii.