Położenie geograficzne miasta decydowało o jego strategicznym znaczeniu. Kontrolowało ono skrzyżowanie najważniejszych dróg w Dolinie Jordanu i Dolinie Jezreel, broniąc w ten sposób dostępu do wybrzeża Morza Śródziemnego, a także do Galilei. Takie położenie powodowało, że od najdawniejszych czasów znajdowały się tutaj osady ludzkie. Wykopaliska archeologiczne wskazują, że pierwsza osada powstała na wzgórzu Tell Bet Sze’an pod koniec okresu neolitu lub na początku chalkolitu (VI-V tysiąclecie p.n.e.). Pozostałości odnalezionej ceramiki wskazują, że osada istniała z przerwami do końca wczesnej epoki brązu (III tysiąclecie p.n.e.). Po podboju Bet Sze’an przez egipskiego faraona Totmesa III (XV wiek p.n.e.), miasto zostało przekształcone w centrum administracji regionu. Egipcjanie zmienili organizację miasta i pozostawili po sobie wiele śladów kultury materialnej. Najazdy ludów Morza zakończyły panowanie egipskie w Kanaanie. Prawdopodobnie w drugiej połowie XIII wieku p.n.e. ziemie te zajęły koczownicze plemiona izraelitówZobacz: Księga Jozuego 17,10-11: „ (10) Ziemia położona na południe należała do Efraima, na północ zaś – należała do Manassesa, a granicą było morze. Z Aserem graniczyli na północy, a z Issacharem na wschodzie.