Po wybuchu II wojny światowej próbował przedostać się na wschód. Miał wypadek samochodowy, wskutek którego przechodził trepanację czaszkiŁukasz Szymański, przedmowa do: Edward Szymański, Świat oczom ciekawym otwarty, Nasza Księgarnia, Warszawa 1986, . Razem z rodziną przeniósł się do domu na pograniczu wsi Drgicz i Stoczek. Udzielał tam schronienia poszukiwanym przez Niemców działaczom konspiracyjnym (w jego domu pracowała m.in. radiostacja radzieckiego oddziału partyzanckiego, pomieszkiwali Teodor Duracz, Benedykt Hertz oraz Antoni Bolesław DobrowolskiTadeusz Kamiński „Dobre-Liw-Węgrów“ Krajowa Agencja Wydawnicza, Warszawa 1981, s. 11). Ukrywał się w wioskach podlaskich od 1942 roku. Po aresztowaniu przez gestapo 9 czerwca 1943 roku w miejscowości Pniewnik był przetrzymywany w więzieniu na Pawiaku przez ok. 3 miesiące. Zginął 15 grudnia 1943 w niemieckim obozie koncentracyjnym Auschwitz-Birkenau.
Życie prywatne Miał dwie żony. Pierwszą była Maria, z domu Patryn (Szymański posługiwał się pseudonimem Marian Patryn), która zmarła. Drugą była Natalia z domu Ładosz, z którą miał dwoje dzieci, syna Łukasza i córkę Ewę.