Od czasów cesarza Justyniana Wielkiego miasto stało się jedną z ważniejszych twierdz bizantyńskich w regionie, gdy w 535 r. powyżej miasta wzniesiono fortecę. W 840 r. zostało splądrowane przez Saracenów. Miasto pod panowaniem bizantyńskim pozostawało – z przerwami – aż do początku XII wieku. Było jednym z głównych ośrodków Dalmacji i aż do XI wieku językiem tu używanym był dalmatyński.
W 1002 roku miasto poniosło szkody pod okupacją Pierwszego Carstwa Bułgarskiego, a w następnym roku zostało oddane Serbii przez bułgarskiego cara Samuela. Jednak miejscowa ludność była przeciwna temu i zaczęła współpracować z Republiką Raguzy. W latach 1186–1371 miasto było głównym portem serbskiego państwa Nemaniczów, przeżywając znaczący wzrost ekonomiczny i kulturalny. Wówczas rządząca dynasta Nemaniczów zmienia nazwę miasta na Kotor. Po rządach serbskich miasto, w latach 1371–1384 wpadło pod panowanie węgierskie za czasów króla węgierskiego Ludwika I. Po tym Kotor jest rządzony przez bośniackiego króla Tvrtko I (1384-1391). Przez krótki czas (1391-1420) miasto było samodzielną republiką. Jednak ze względu na niebezpieczeństwo podboju przez Turków Kotor w 1420 r. poddał się pod protektorat Republiki Weneckiej, stając się częścią Albanii Weneckiej.