Stolicą województwa było miasto Chełmno położone na zachodzie regionu. Starostwo grodowe kowalewskie należało do wojewody chełmińskiego. Sejmiki wojewódzkie odbywały się w Kowalewie (do 1630 r. na przemian w Kowalewie i Radzyniu), gdzie wybierano posłów na sejm walny. Ponieważ liczba posłów wysyłanych z ziemi chełmińskiej i Prus Królewskich nie była określona, często poszczególne frakcje polityczne dążyły do zerwania obrad sejmikowych by nie dopuścić do wysłania na sejm większej grupy posłów mogących wpływać na przebieg obrad. sejmiki deputackie po 1589 odbywały się w Radzyniu, gdzie wybierano 2 deputatów do Trybunału Koronnego w Piotrkowie. lewo|mały|261x261px|Toruń w XVII wieku Na terenie województwa znajdowało się 9 starostw, z tego 8 niegrodowych i 1 grodowe (kowalewskie). W ziemi chełmińskiej były to starostwa golubskie, grudziądzkie, kowalewskie, lipienieckie (lipieńskie), pokrzywińskie, radzyńskie i rogozińskie, a w powiecie michałowskim bratiańskie i brodnickie (czasowo wyodrębniano z niego klucz lidzbarski jako starostwo lidzbarskie). Starostowie niegrodowi nie pełnili żadnej roli administracyjnej, byli jedynie tenutariuszami królewszczyzn. Największym miastem w województwie był Toruń (liczący w 1. poł. XVII w.