Cały czas istniał problem z wypłatą posagu Zofii. W 1489 roku Władysław II Jagiellończyk obiecywał Fryderykowi Starszemu, że wymusi na ojcu jego wypłatę (Fryderyk miał z kolei za uzyskane pieniądze wydzierżawić od Władysława czeskie lenna, znajdujące się we Frankonii). W 1493 roku Fryderyk wysłał poselstwo do Jana Olbrachta w sprawie wypłaty posagu; 30 września 1495 roku Zofia osobiście pisała do brata, prosząc o wypłatę obiecanych jej pieniędzy. Ostatecznie posag został wypłacony synom Zofii w kilku ratach – odpowiednio w 1533, 1535 i w 1537 roku.
Mąż Zofii utrzymywał kontakty z jej braćmi – wiosną 1494 roku brał udział w zjeździe w Lewoczy, w którym brali udział Władysław II Jagiellończyk, Jan Olbracht, Zygmunt Jagiellończyk (późniejszy król Zygmunt I Stary) oraz kardynał Fryderyk Jagiellończyk. Fryderyk Starszy planował także zacieśnić związki rodzinne między Hohenzollernami a Jagiellonami – Barbara, młodsza siostra Zofii, miała poślubić Joachima, bratanka Fryderyka i następcę tronu brandenburskiego, z kolei Władysław II Jagiellończyk miał ożenić się z Anną, siostrą Fryderyka. Ostatecznie nie doszło do realizacji tych planówWładysław w tym czasie był mężem Barbary Hohenzollern, innej siostry Fryderyka, i Beatrzycze, wdowy po Macieju Korwinie – małżeństwa te zostały unieważnione dopiero w kwietniu 1500 roku.