Historia Powstanie miasta wiąże się ze zniszczeniem z powodu powodzi oddalonego od dzisiejszego Koczina starożytnego portu Muziris (dziś Kodungallur). Powódź z 1341 roku przynosząc klęskę Muzirisowi okazała się szansą dla Koczinu. Z czasem rozwinął się on stając się najważniejszym portem na zachodnim wybrzeżu Indii, centrum handlu przyprawami (z Chinami i Bliskim Wschodem).

W 1498 roku portugalski żeglarz Vasco da Gama wylądował w Calicut (obecnie Kozhikode). Dwa lata później do Koczina przybył Pedro Álvares Cabral. W 1502 Portugalczycy założyli tu swoje przedstawicielstwo handlowe, rok potem zbudowali pierwszą europejską twierdzę w Indiach (Fort Manuel). Koczin stał się pierwszą europejską kolonią na terenie Indii. W ramach Indii Portugalskich doszło do prześladowań Żydów. Vasco da Gama zmarł w Koczinie w 1524 roku a kościół świętego Franciszka w Koczinie stał się miejscem spoczynku jego szczątków do 1539 roku, kiedy przewieziono jego ciało do Lizbony. Kolonizowano wybrzeże a jego rodowici mieszkańcy stali się wasalami Portugalczyków.