Natomiast w odróżnieniu od innych unijnych organów i jednostek powoływanych aktem prawa wtórnego, agencje, niezależne jednostki zdecentralizowane i wspólne przedsięwzięcia posiadają osobowość prawną na poziomie unijnym, uznawaną w krajach członkowskich, a w niektórych przypadkach (np EDA, JET), również w krajach EOG, Szwajcarii, Serbii, Ukrainie i Zjednoczonym Królestwie.
Agencją kieruje Zarząd ustalający główne wytyczne i zatwierdzający program pracy.Członkami tego organu są zawsze przedstawiciele Państw Członkowskich i jeden lub kilku przedstawicieli Komisji. Liczebność zarządu waha się od szesnastu do siedemdziesięciu ośmiu członków.
Dyrektor wykonawczy, prawny przedstawiciel agencji, mianowany jest przez Zarząd lub przez Radę Ministrów.
Komitety techniczne lub naukowe – ciała doradcze, składające się ekspertów w danej dziedzinie, mają zadanie opiniodawcze i informacyjne.
Agencje finansowane są ze środków przewidzianych na ten cel w budżecie Unii Europejskiej, z wyjątkiem pięciu z nich, które utrzymują się samodzielnie. Są to: Europejska Agencja Leków, Urząd Unii Europejskiej ds.