W grudniu 1993 kongres RdR wybrał go stosunkiem głosów 106:100 na przewodniczącego tej partii, co doprowadziło do wewnętrznego rozłamu i funkcjonowania dwóch ugrupowań pod nazwą RdR (partia Romualda Szeremietiewa działała później jako Ruch dla Rzeczypospolitej – Obóz Patriotyczny).
W latach 1997–2001 z ramienia Akcji Wyborczej Solidarność sprawował mandat posła na Sejm III kadencji, wybranego w okręgu radomskim. Pod koniec kadencji był posłem niezrzeszonym. Należał do FOChD i z jego ramienia bez powodzenia kandydował w 2001 do Senatu.
W rządzie Jerzego Buzka pełnił ponownie stanowisko wiceministra obrony. Został zawieszony, a następnie odwołany z tej funkcji m.in. na skutek publikacji Anny Marszałek i Bertolda Kittela w „Rzeczpospolitej” zarzucającej mu korupcję. Proces w tej sprawie trwał od 2005. 24 października 2008 sąd I instancji uniewinnił go od głównych zarzutów: korupcji oraz zarzutu przekroczenia uprawnień i działania na szkodę interesu publicznego. Sąd umorzył też postępowanie co do przekroczenia uprawnień w związku z przedawnieniem oraz skazał na grzywnę za bezprawne ujawnienie swojemu asystentowi, Zbigniewowi Farmusowi, tajemnicy państwowej.