Rok 1617 przerwał tę pomyślność: śmierć żony, a potem ciężka choroba krtani sprawiły, że złamany psychicznie i fizycznie Heermann prawie nie mógł wykonywać funkcji pastora. Sytuację pogorszył wybuch wojny trzydziestoletniej, która spustoszyła Śląsk. Chobienia przechodziła z rąk do rąk, była 4 razy splądrowana (Heermann stracił cały swój dobytek, zginęło 550 jego parafian, zmarły też dzieci Heermanna). Zmieniające się władze to obsadzały w parafii jezuitów, to znowu przywracały tam pastorów i tak kilkakrotnie. W tych trudnych warunkach Heermann napisał jedno ze swoich najlepszych dzieł: tom hymnów Devoti Musica Cordis.
Heermann pozostawał pastorem w Chobieni przez 27 lat, aż do 1638 roku. Jednakże w 1634 zmuszony był zaniechać wygłaszania kazań, gdy z powodu choroby prawie stracił głos. Od tego czasu poświęcił się pisaniu kazań. W 1618 ożenił się ponownie z Anną Teichman z Góry Śląskiej, z którą miał trzech synów i córkę.