Historia Xiamen zyskał status ważnego ośrodka portowego w epoce dynastii Song. Kilka stuleci później powstała tutaj twierdza, której mury miały chronić mieszkańców przed atakami piratów. Począwszy od XVI w. zaczęli przybywać tu europejscy kupcy, co wzmocniło handlowe znaczenie portu, słynącego wówczas przede wszystkim z eksportu herbaty. Losy miasta w XIX w. przebiegały według scenariusza typowego dla tej epoki ekspansji kolonialnej. W wyniku traktatu w Nankinie przedstawiciele obcych mocarstw uzyskali prawa do osiedlania się. Rolę zagranicznej enklawy pełniła usytuowana kilkaset metrów od wybrzeża wyspa Gulangyu. W tym samym czasie tutejszy port wykorzystywany był przez wielu emigrantów, którzy opuszczali prowincję Fujian w poszukiwaniu lepszego życia na Tajwanie oraz w Azji Południowo-Wschodniej. W krajach takich jak Wietnam czy Malezja do dziś żyją przedstawiciele utworzonej wówczas diaspory. Podczas chińskiej wojny domowej w latach 40. XX w. władzę nad większością okolicznych terenów przejęli komuniści, nie udało im się to jedynie na pobliskiej wyspie Kinmen, która mimo wciąż toczonych sporów do dziś pozostaje pod zwierzchnictwem Tajwanu.