W ramach akcji „Burza” jego oddziały zorganizowane w 39 pułk piechoty Strzelców Lwowskich AK 2 sierpnia 1944 brały udział w przejmowaniu Rzeszowa z rąk niemieckich. W połowie sierpnia wobec nakazu radzieckiego komendanta wojskowego o złożeniu broni przez AK zdecydował o zejściu w konspirację. Był przeciwny ujawnianiu się żołnierzy AK i wstępowaniu do LWP – wydał rozkaz o bojkocie mobilizacji. W nocy z 7 na 8 października 1944 podjął nieudaną próbę odbicia 400 akowców więzionych przez NKWD na Zamku Rzeszowskim.
W styczniu 1945 został przeniesiony do sztabu Okręgu Krakowskiego AK. Tam współorganizował organizację NIE, zostając w lutym tego roku inspektorem rejonowym NIE, szefem sztabu Okręgu najpierw w NIE, a następnie w Delegaturze Sił Zbrojnych na Kraj. Z jego rozkazu w nocy z 21 na 22 lutego 1945 patrole Franciszka Rejmana ps. Bicz, Wojciecha Kocana ps. Mak, Bronisława Migały ps. Mauser i Tadeusza Dziedzica ps. Grusza dokonały w Zgłobniu zabójstwa miejscowych działaczy Polskiej Partii Robotniczej, przewodniczących Komisji Reformy Rolnej parcelującej zgłobieński majątek na mocy dekretu Polskiego Komitetu Wyzwolenia Narodowego o reformie rolnej: Jana i Stefanii Kurców, Wojciecha Kawy oraz Wojciecha i Wiktorii Antosów.