W sezonie 2009/10 drużyna z Toronto miała ogromnego pecha. Gdyby trafili jeden kosz więcej w meczu z Phoenix Suns lub Denver Nuggets, ich awans do play-off byłby faktem. Tak się nie stało, ponieważ jednym zwycięstwem wyprzedziło ich Chicago Bulls. Raptors zajęli wtedy 9. miejsce w konferencji, a ich bilans wynosił 40-42.
2010–2013: Odbudowa W lipcu 2010 drużynę opuścił Chris Bosh. Wtedy zaczęła się przebudowa składu. Prezes Raptors Bryan Colangelo ściągnął do drużyny Linasa Kleizę, Leandro Barbosę, Juliana Wrighta, Davida Andersena, a do innych drużyn powędrowali Hedo Türkoğlu (Phoenix Suns) i Marco Belinelli (New Orleans Hornets) oraz wybory w przyszłym drafcie. W trakcie sezonu, Kanadę opuścili Jarrett Jack, David Andersen i Marcus Banks. Z drużyny New Orleans Hornets przyszli Jerryd Bayless i Peja Stojaković.