Shor: How Scripps Institution Came To San Diego, sandiegohistory.org. Pierwszym kierownikiem był profesor zoologii William Emerson Ritter.
W 1912, dla uhonorowania rodzeństwa Scrippsów, instytucja została nazwana Scripps Institution for Biological Research. W 1925 przemianowano ją na Scripps Institution of Oceanography. Przed 1938 była związana z Uniwersytetem Kalifornijskim w Berkeley, a po 1938 stała się częścią Uniwersytetu Kalifornijskiego w Los AngelesHistory, scripps.ucsd.edu.
W 1936 dyrektorem instytutu został znany norweski oceanograf Herald Sverdrup, a w 1948 Carl Henry Eckart. W 1956 powstał Uniwersytet Kalifornijski w La Jolla (szybko przemianowany na Uniwersytet Kalifornijski w San Diego), który swoje powstanie w dużej mierze zawdzięcza Instytutowi Oceanografii Scrippsów.
Programy naukowe Instytut prowadzi badania oceanograficzne, sejsmologiczne, klimatyczne, meteorologiczne, biologii morza, chemii atmosfery, a także działalność edukacyjną i studia doktoranckie. Specjalizuje się w pomiarach oceanicznych.
left|thumb|230px|Batyskaf Star III thumb|310px|Widok na część wybrzeża miejscowości La Jolla (od zachodu), gdzie mieści się Instytut Oceanografii Scrippsów. Czerwone plamy to zakwit fitoplanktonu