Latem 1946 uciekł z Sierpca i ukrywał się. Jesienią tworzył zgrupowanie leśnych oddziałów w okolicach Koziebród. Scalał „dzikie” grupy ukrywających się byłych żołnierzy AK. W 1947 ujawnił się podczas amnestii, lecz od 1948 ponownie ukrywał się. W 1949 założył organizację Samoobrona Ziemi Mazowieckiej, działającą w Warszawie i okolicach. Używał ps. „Andrzej”.

Aresztowanie, więzienie i śmierć Po rozbiciu jego oddziałów przez KBW i MO nawiązał kontakt z fikcyjną, stworzoną przez bezpiekę V Komendą WIN-u. 11 czerwca 1950data według indeksu represjonowanych IPN (zob. źródła). T. Swat podaje w swoim indeksie straconych w więzieniu mokotowskim (zob. źródła) datę 7 listopada 1950 i miejsce aresztowania Włocławek został aresztowany. Przeszedł ciężkie śledztwo w Pałacu Mostowskich, biorąc całą winę na siebie. Oskarżony przez prokuratora Bogusława Knoblocha o przynależność do NOW-u i NSZ oraz próbę obalenia ustroju. Proces wykazał także, że po upadku powstania w getcie warszawskim Marcinkowski przeprowadzał akcje przeciwko ukrywającym się w okolicach Warszawy Żydom. 7 maja 1951 r.inne źródła podają jako datę wyroku 30 stycznia 1952 skazany został przez WSR, znak akt 17/51 w składzie: przewodniczący – Jerzy Drohomirecki, ławnicy – Zygmunt Otto i Wiesław Stojek, na karę śmierci.