Ewolucja mały|Icadyptes Za najstarsze znane pingwiny uznaje się gatunki nalężące do rodzaju Waimanu, pochodzące z wczesnego paleocenu Nowej Zelandii. Wczesne pingwiny, takie jak Inkayacu sprzed około 36 mln lat, były prawdopodobnie ubarwione inaczej niż współcześni przedstawiciele tej grupy – morfologia i rozmieszczenie melanosomów sugerują, że Inkayacu miał pióra ubarwione szaro i czerwono-brązowo. Jego melanosomy były mniejsze niż u dzisiejszych pingwinów. Zmiany w ich morfologii mogły wynikać z hydrodynamicznych wymagań podczas podwodnego pływania.
W przeszłości na Ziemi żyły większe pingwiny niż obecnie. Na pustyni w Peru paleontolodzy znaleźli szkielet nieznanego wcześniej gatunku pingwina, nazwanego Icadyptes salasi. Rozmiary jego szkieletu wskazują, że mierzył około 150 cm wysokości. Zbliżone lub nieco większe rozmiary osiągały także Inkayacu, Palaeeudyptes i Anthropornis.