2005 2005 rozpoczęła od ćwierćfinału w Auckland, przegranego z Marion Bartoli. Miesiąc później osiągnęła finał turnieju zawodowego w Dubaju, w którym uległa Lindsay Davenport. Po drodze pokonała Serenę Williams (nieco szczęśliwie dla Janković, Williams skreczowała). Kolejnym sukcesem był półfinał w Berlinie, a później także finał w Birmingham, przegrany z Mariją Szarapową. Osiągnęła ćwierćfinały w turniejach w Stanfordzie i Cincinnati oraz finał turnieju w Seulu, przegrany z Nicole Vaidišovą. Poprawiła pozycję rankingową na siedemnastą.
2006 Przegrała z kwalifikantką Olhą Sawczuk w II rundzie Australian Open. Przez bardzo długi czas, bo już od końcówki sezonu 2005, przestała istnieć na światowych kortach. Przegrywała kolejne turnieje w pierwszych rundach, wypadając z czołowej trzydziestki rankingu WTA. Przełom nastąpił w Rzymie, gdzie doszła do ćwierćfinału. Później osiągnęła półfinał w Strasburgu, III rundę French Open 2006 i turnieju w Birmingham, ćwierćfinał turnieju w ’s-Hertogenbosch, IV rundę Wimbledonu 2006 (wygrała tam z Venus Williams) i ćwierćfinał turnieju w Cincinnati. Zwieńczeniem jej wzrastającej formy był finał turnieju w Los Angeles, który przegrała z Jeleną Diemientjewą.