Ukonstytuowały się trzy Instytuty: Informatyki i Ekonometrii, Ekonomii oraz Socjologii, które utworzyły odpowiednio Wydział Informatyki, Wydział Ekonomii i Wydział Socjologii. W listopadzie 2002 roku powołano Wydział Zamiejscowy w Kętrzynie.
Misją Uczelni było kształcenie kadr dla gospodarki wolnorynkowej Warmii i Mazur, dlatego też dynamicznie reagowała na potrzeby społeczności, oferując nowe kierunki i specjalności. W 2004 r. poszerzyła swoją ofertę o takie kierunek Pedagogika, a w 2009 r. o kierunek Administracja. Pojawiały się też Dziennikarstwo w 2008 r. i Bezpieczeństwo Narodowe w 2014 r.
W 2002 r. nabyła prawa do kształcenia na studiach II stopnia, studia magisterskich, na kierunku Informatyka i Ekonometria. W kolejnych latach uprawnienia te zdobyły kierunki Ekonomia, Socjologia i Pedagogika oraz na studiach II stopnia na kierunku Administracja.
Władz Uczelni zadbały też o bazę lokalowo-dydaktyczną. W ciągu ponad 20 lat istnienia Uczelni zakupiono i wyremontowano kolejne budynki, oddając do dyspozycji nowe aule, sale komputerowe, pracownie wyposażone w sprzęt multimedialny oraz akademik.