Udział w kampanii włoskiej 15 lutego 1943 wyruszył w podróż do USA, gdzie spotkał się z prezydentem Franklinem D. Rooseveltem. Przy pomocy prasy amerykańskiej apelował o pomoc dla dzieci polskich znajdujących się w ZSRR. Brał udział w kampanii włoskiej; w bitwie pod Monte Cassino (pełnił funkcję kapelana liniowego w Sanitarnym Ośrodku Ewakuacyjnym), bitwie o Ankonę i Loreto. 31 lipca 1944 w Ankonie, z rąk Naczelnego Wodza gen. broni Kazimierza Sosnkowskiego otrzymał Krzyż Srebrny Orderu Wojennego Virtuti Militari i Krzyż Walecznych.
Po II wojnie światowej Po zakończeniu 8 maja 1945 II wojny światowej w Europie i rozwiązaniu w 1947 Polskich Sił Zbrojnych na Zachodzie, bp Gawlina przestał pełnić funkcję biskupa polowego. 8 lutego 1945 został mianowany Opiekunem (Protektorem) Emigracji Polskiej na czas niemożności wykonywania tych zadań przez prymasa Polski, a Stolica Apostolska powierzyła mu 5 czerwca 1945 opiekę nad polskimi uchodźcami w Austrii i Niemczech. Po śmierci kard. Augusta Hlonda, 28 stycznia 1949 papież Pius XII mianował bpa Józefa Gawlinę Opiekunem Duchowym Polaków na uchodźstwie (czyli Protektorem Emigracji Polskiej). Od połowy 1947 zamieszkał jako rektor przy polskim kościele św.