Bismarck doskonale zdawał sobie sprawę z możliwości, jakie jego polityce stwarza zakończony właśnie konflikt. Doprowadził do (teoretycznie uczciwego) podziału zajętych księstw, które poddano pod administrację obydwu biorących udział w konflikcie państw. W rezultacie Holsztyn uzyskała Austria, natomiast Szlezwik – Prusy. Do Prus włączono także Lauenburg. Bismarck wymusił też na Austrii zgodę na przeniesienie bazy pruskiej marynarki wojennej z Gdańska do Kilonii w Holsztynie, wybudowanie dwóch traktów strategicznych łączących Szlezwik z Lauenburg wraz z otrzymaniem zgody na budowę umocnień w Holsztynie. Układ taki dawał Prusom odpowiednie zaplecze i zarazem doskonały pretekst do następnej wojny – z Austrią, która miała wybuchnąć w niecałe dwa lata później.
W wyniku podziału Szlezwiku i Holsztynu niemiecka opinia publiczna odwróciła się od Austrii, gdyż w powszechnym mniemaniu obowiązkiem cesarza (jako głowy najważniejszego z państw Związku Niemieckiego) była obrona niezawisłości księstw.