Życie prywatne mały|190px|lewo W 1992 roku wówczas dziewiętnastoletni Zanetti poznał czternastoletnią córkę nauczyciela uniwersyteckiego – Paulę De La Fuente, która siedem lat później została jego żoną. Żyją obecnie nad jeziorem Como w Moltrasio, a wcześniej mieszkali w Cernobio i prowadzą własną restaurację o nazwie "El Gaucho" w Mediolanie. Razem z żoną, która jest fotografką, założył organizację charytatywną: Fundację PUPI (Por Un Piberío Integrado), a razem z Estebanem Cambiassem Leoni di Potrero, która zajmuje się pomocą dzieciom zaczynającym przygodę z piłką. Il Capitano jest ambasadorem FIFA w Argentynie projektu SOS Children’s Villages. 11 czerwca 2005 roku urodziła się córka Javiera Zanettiego o imieniu Sol. 27 lipca 2008 urodził się syn Ignacio, a 9 maja 2012 Tomas. Piłkarz Interu ma również starszego brata Sergio Zanettiego, również piłkarza. Javier Zanetti jest głęboko wierzącym katolikiem, pomagał nawet Wesleyowi Sneijderowi w jego nawróceniu. Zawsze przed wejściem na boisko wykonuje znak krzyża. 25 kwietnia 2013 był gościem papieża Franciszka, który gościł go na prywatnej, godzinnej audiencji. Zanetti w prezencie podarował Ojcu Świętemu swoją koszulkę z numerem 4, opaskę kapitańską z flagami Włoch, Argentyny i Watykanu oraz inicjałami Papieża, książkę poświęconą Inter Campus ze specjalną dedykacją Massimo Morattiego, tabliczkę Fundacji PUPI oraz proporczyk z herbem Papieża Franciszka.