11 maja 2011 r. podczas pucharowego meczu z Romą zagrał w 1000 oficjalnym spotkaniu piłkarskim. 20 września 2011 r. pobił osiągnięcie Giuseppe Bergomiego i został rekordzistą Interu pod względem liczby rozegranych meczów ligowych. 23 sierpnia 2012 roku Javier Zanetti wystąpił w meczu Inter Mediolan vs. FC Vaslui. Rozegrał wówczas swój 800. mecz w barwach Interu Mediolan. 10 marca 2013 r. zaliczył w spotkaniu z Bologną (0:1) 600 występ ligowy dla Interu. W meczu z FC Parma, rozegranym 21 kwietnia, wystąpił po raz 1100 w oficjalnym spotkaniu, co jest 4 wynikiem w historii. 28 kwietnia w 17 minucie meczu z US Palermo doznał zerwania ścięgna Achillesa. 12 czerwca 2013 Inter za pośrednictwem swej oficjalnej strony internetowej poinformował o przedłużeniu z Zanettim umowy do 30 czerwca 2014. W 2014 roku, Javier Zanetti postanowił zakończyć karierę piłkarską.