Po zakończeniu reprezentacyjnej kariery przez Roberta Ayalę przejął po nim kapitańską opaskę. Rekordzistą reprezentacji Argentyny pod względem ilości występów został 17 listopada 2007 r. w meczu z Boliwią. Wskutek decyzji nowego trenera kadry Argentyny – Diego Maradony, stracił na rzecz Javiera Mascherano opaskę kapitańską. Pomimo zwycięstwa w Lidze Mistrzów Zanetti nie został powołany do kadry na Mistrzostwa Świata w RPA. Maradona wolał postawić na Ariela Garcé, co wywołało wielką falę oburzenia. W wyjściowej jedenastce jego miejsce zajął Jonás Gutiérrez z grającego w Championship Newcastle United. Po Mundialu powrócił do zespołu. Ostatnim spotkaniem w reprezentacji Zanettiego był mecz z Urugwajem rozegrany 16 lipca 2011 r. na Copa América 2011.
Styl gry Nominalną pozycją Javiera Zanettiego jest prawa obrona. "Il Capitano" potrafi jednak grać na lewej obronie, a także jako środkowy i prawy pomocnik, co czyni go zawodnikiem niezwykle wszechstronnym. Zanetti jest piłkarzem wyjątkowo wytrzymałym i odpornym na kontuzje, co potwierdza liczba jego występów w kolejnych sezonach. Ponadto Argentyńczyk potrafi znakomicie przyspieszyć, prowadzić piłkę i jej nie stracić, co w trakcie swej długiej kariery niejednokrotnie wykorzystywał. Nie jest jednak piłkarskim wirtuozem.