Krytyka wyrażona przez studentów i profesorów, a dotycząca niedemokratycznej formy rządów i korupcji finansowej, w 1972 doprowadziła do surowych aresztowań.
Oprócz funkcji prezydenta, Bongo pełnił również inne funkcje rządowe. W latach 1967–1975 był premierem Gabonu, a także ministrem obrony (1967–1981), ministrem informacji (1967–1981), ministrem planowania (1967–1977) oraz ministrem spraw wewnętrznych (1967–1970). W wyborach prezydenckich w 1973 był jedynym kandydatem na to stanowisko, zdobywając 99,56% głosów poparcia.
W kwietniu 1975 zniósł stanowisko wiceprezydenta, które zajmował Léon Mébiame, mianując go w zamian nowym premierem kraju. Mébiane pozostał szefem rządu do czasu rezygnacji w 1990. Przed wyborami prezydenckimi w 1979 Bongo objechał kraj, nawołując do jedności narodowej i zakończenia plemiennych konfliktów. W swojej administracji, przez cały okres prezydentury, potrafił zachować delikatną równowagę etniczną. W wyborach w 1979 po raz kolejny był jedynym kandydatem. Uzyskał 99,96% głosów poparcia.