Mimo że wciąż wiele grup jądrowców oczekuje na ustalenie powiązań filogenetycznych, znane obecnie relacje pokrewieństwa pozwalają na wyróżnienie pięciu „supergrup” i określenie należących do nich linii rozwojowychSimpson, A.G.B. & Roger, A.J. 2004.The real ‘kingdoms’ of eukaryotes. Current Biology 14, R693–696.:
Amorphea Amoebozoa Lühe, 1913, przywrócony przez Cavalier-Smith, 1998 (ameby i kilka gatunków bez mitochondriów) Tubulinea Smirnov i inni, 2005 Discosea Cavalier-Smith i inni, 2004 Archamoebae Cavalier-Smith, 1983 Gracilipodida Lahr i inni, 2011 Multicilia Cienkowsky, 1881 Protosteliida Olive i Stoianovitch, 1966 Cavosteliida Shadwick i Spiegel w Adl i inni, 2012 Protosporangiida Shadwick i Spiegel w Adl i inni, 2012 Fractovitelliida Lahr i inni, 2011 Schizoplasmodiida L. Shadwick i Spiegel w Adl i inni, 2012 Myxogastria Macbride, 1899 Dictyostelia Lister, 1909 Obazoa Breviatea Cavalier-Smith i inni, 2004 Apusomonadida Karpov i Mylnikov, 1989 Opisthokonta Cavalier-Smith, 1987 przywrócony przez Adl i inni, 2005 Holozoa Lang i inni, 2002 Filasterea Shalchian-Tabrizi i inni, 2008 Ichthyosporea Cavalier-Smith T.,2003, zwane też jako Mesomycetozoa Mendoza i in., 2002, przywrócone przez Adl.