2005 Opalinata Wenyon, 1926 przywrócony przez Cavalier-Smith, 1997 Blastocystis Alexeev, 1911 Bicosoecida Grasse, 1926 przywrócony przez Karpov, 1998 Placidida Moriya i inni, 2002 Labyrinthulomycetes Dick, 2001 Hyphochytriales Sparrow, 1960 Peronosporomycetes Dick, 2001 Actinophryidae Claus, 1874 przywrócony przez Hartmann 1926 Bolidomonas Guillou i Chre´tiennot-Dinet, 1999 Chrysophyceae Pascher, 1914 – złotowiciowce Dictyochophyceae Silva, 1980 Eustigmatales Hibberd, 1981 Pelagophyceae Andersen i Saunders, 1993 Phaeothamniophyceae Andersen i Bailey w Bailey i inni, 1998 Pinguiochrysidales Kawachi i inni, 2003 Raphidophyceae Chadefaud, 1950 przywrócony przez Silva. 1980 Synurales Andersen, 1987 Xanthophyceae Allorge, 1930 przywrócony przez Fritsch, 1935 – różnowiciowce Phaeophyceae Hansgirg, 1886 – brunatnice Schizocladia Henry i inni w Kawai i inni, 2003 Diatomea Dumortier, 1821 Alveolata Cavalier-Smith, 1991 Protalveolata Cavalier-Smith.