Eukarionty o niepewnej przynależności Discoba Simpson w Hampl i inni, 2009 Jakobida Cavalier-Smith, 1993, emend. Adl i in., 2005 Discicristata Cavalier-Smith, 1998 Tsukubamonas Yabuki i inni, 2011 Metamonada Cavalier-Smith, 1987 przywrócony przez Cavalier-Smith, 2003 Fornicata Simpson, 2003 Parabasalia Honigberg, 1973 Preaxostyla Simpson, 2003 Malawimonas O’Kelly i Nerad, 1999 Ancyromonadida Cavalier-Smith, 1998 Picozoa Ancoracysta
Dodatkowo Cavalier-Smith wyróżnia 2 taksony bez rangi: Unikonta Bikonta które są taksonomicznie ponad supergrupami.
Podobne podejście przyjęto w pracy Adla i in. z 2019, gdzie eukarionty dzieli się na dwie główne grupy: Amorphea i Diaphoretickes oraz kilka mniejszych grup, których nie da się jednoznacznie przyporządkować do którejś z nich. Część z tych grup jest łączona w Excavata, przy czym w tym ujęciu jest to takson sztuczny, a jego status jako supergrupy jest podawany w wątpliwość.