zagrabiono bibliotekę i archiwum, zbiory zostały wywiezione do Szczecina, gdzie spłonęły w 1679. Koniec wojny oraz reforma ekonomiczna zapoczątkowana przez opata Arnolda Freiberga umożliwiły od 1649 rozpoczęcie wielkiej odnowy całego kompleksu w stylu barokowym. Przeprowadzono wówczas głównie prace konieczne do rozwoju klasztoru: usunięto uszkodzenia i szkody budowlane, odnowiono część mieszkalną (klauzurę), odremontowano kościół, zbudowano szkołę klasztorną i budynki gospodarcze. Opat sprowadził w 1660 do Lubiąża czołowego malarza barokowego na Śląsku Michała Willmanna. Willmann do śmierci mieszkał w Lubiążu wykonując liczne obrazy i freski, m.in. namalował fresk Apoteoza Bohatera Cnót na sklepieniu w refektarzu letnim. Następca Freibergera, opat Johann Reich oraz trzej następni opaci prowadzili prace głównie nad budowlami reprezentacyjnymi, korzystając ze stabilizacji ekonomicznej zapewnionej przez poprzednika. Największą inwestycją był budowany w latach 1681–1699 monumentalny pałac opacki liczący ponad 300 sal z bogatym wystrojem wnętrz.