W pełnym wymiarze czasowym zagrał przeciwko Nigerii (22 grudnia 1998), Jugosławii (23 grudnia 1999), Litwie (22 grudnia 2000), Chile (28 grudnia 2001) oraz Chinom (28 grudnia 2002).
Po meczu z Chile powiedział Mam nadzieję, że któregoś dnia odwdzięczę się za wsparcie, jakie mi tu okazano. Jestem szczęśliwy, że grałem w tym klubie i że urodziłem się w tym kraju.
W spotkaniu z Ekwadorem 28 grudnia 2003 Pichi Alonso wpuścił Guardiolę w 45. minucie meczu, a kataloński rozgrywający zaliczył 55 podań, w tym 51 celnych. 25 kwietnia 2004 w przegranym 1-3 meczu z Brazylią wszedł na boisko, zmieniając Jordiego Cruyffa.
W 2005 roku 34-letni Guardiola, wtedy zawodnik ligi meksykańskiej, został powołany na spotkanie z Paragwajem. Selekcjoner Pere Gratacós powiedział, że dla Guardioli Reprezentacja Katalonii jest czymś niezwykle ważnym. Zawsze kochał granie dla swojej prawdziwej ojczyzny. W pojedynku rozegranym 25 grudnia pomocnik zmienił Rogera Garcię w 46.