20 września 1943 roku wraz z Wirthem i wieloma innymi weteranami akcji „Reinhardt” został przeniesiony do Einsatz R operującej na wybrzeżu Adriatyku. Zadaniem tej jednostki, nad którą dowództwo objął Wirth, była likwidacja miejscowych Żydów oraz walka z jugosłowiańską i włoską partyzantką. W maju 1944 roku Wirth został zabity przez jugosłowiańskich partyzantów. Oberhauser objął wtedy stanowisko komendanta obozu koncentracyjnego, który funkcjonariusze Einsatz R urządzili w nieczynnej łuskarni ryżu w Trieście. Wojnę zakończył w randze SS-Obersturmführera.
Losy powojenne W maju 1945 roku został ujęty przez wojska brytyjskie w okolicach Bad Gastein w Austrii. W 1946 roku zdołał zbiec z obozu jenieckiego. Zamieszkał w północnych Niemczech, na terenie brytyjskiej strefy okupacyjnej. Dwa lata później został aresztowany i ekstradowany do sowieckiej strefy okupacyjnej. 24 września 1948 roku sąd w Magdeburgu skazał go na karę 15 lat pozbawienia wolności za udział w akcji T4 i przynależność do SS. 28 kwietnia 1956 roku został zwolniony z więzienia na mocy amnestii. Niedługo później wyemigrował do Niemiec Zachodnich. Zamieszkał w rodzimym Monachium, gdzie pracował jako robotnik i barman.