Okolicznością obciążającą był również fakt, iż oskarżony – mimo swojego skromnego wykształcenia – w uznaniu zasług położonych w czasie akcji „Reinhardt” został awansowany na stopień oficerski. Ostatecznie wyrokiem sądu krajowego w Monachium z 12 kwietnia 1965 roku Oberhauser został uznany winnym pomocnictwa w pięciu przypadkach mordu na co najmniej 150 osobach – poprzez nadzorowanie „rozładunku” transportów, w których te ofiary przywieziono do Bełżca. Uznano go także winnym pomocnictwa w zgładzeniu około 300 tys. osób – poprzez zapewnienie materiałów niezbędnych do budowy komór gazowych. Został skazany na karę 4,5 roku pozbawienia wolności. Był jedynym członkiem niemieckiej załogi, który poniósł odpowiedzialność karną za zbrodnie popełnione w Bełżcu.
Oberhauser odsiedział jedynie połowę wyroku, gdyż sąd zaliczył mu na poczet kary okres spędzony w areszcie. Po wyjściu na wolność powrócił do zawodu barmana.