Lata 1921–1945 Po zwolnieniu ze służby wojskowej osiadł w Warszawie, gdzie w okresie od 1922 roku do 1929 roku prowadził „prywatne roboty budowlane”. W 1922 roku brał udział w zakładaniu Stowarzyszenia Dowborczyków „Ku Chwale Ojczyzny”, gdzie do 1926 roku sprawował funkcję prezesa Zarządu GłównegoDziennik Wileński, R.22, nr 22 (23 stycznia 1938), s. 6.. Ponadto był prezesem Bractwa Strzelców Kurkowych. W latach 1936–1939 brał udział w budowie Centralnego Okręgu Przemysłowego, a także wykonał kopiec dowborczyków.
Podczas II wojny światowej działał w Towarzystwie Patriotycznym, które popierało politykę gen. Władysława Sikorskiego, a ponadto był członkiem Prezydium Rady Głównej Opiekuńczej. Rozważano jego kandydaturę na komendanta zjednoczonych sił ruchu oporu, chociaż nie brał w nim udziału.
Zmarł 28 kwietnia 1945 roku w Warszawie i został pochowany na cmentarzu Powązkowskim (kwatera 244-5-28).mały|Grób Jana Wroczyńskiego na Cmentarzu Powązkowskim w Warszawie po renowacji w 2022 rokuW 2022 roku z inicjatywy Premiera RP Mateusza Morawieckiego grób Wroczyńskiego został odrestaurowany. Cały projekt był realizowany przez Fundację Stare Powązki we współpracy z Kancelarią Prezesa Rady Ministrów.