Pierwsze turniejowe zwycięstwo rangi ATP World Tour Pernfors wywalczył w 1988 roku, kiedy udało mu się wygrać imprezy w Los Angeles (w finale z Andre Agassim) i Scottsdale. Był również w tym samym sezonie finalistą turnieju w Memphis.
W dalszych miesiącach zmagał się z kontuzjami i na początku lat 90. XX w. był praktycznie nieobecny na światowych kortach. W lipcu 1993 roku odniósł swoje trzecie zwycięstwo w cyklu ATP World Tour, w Montrealu. W turnieju kanadyjskim pokonał m.in. wicelidera rankingu światowego Jima Couriera i w finale Todda Martina; w meczu finałowym Martin nie wykorzystał prowadzenia 5:2 w decydującym secie i ostatecznie Pernfors wygrał 2:6, 6:2, 7:5.
Jako deblista Pernfors wygrał jeden turniej, był w dalszych dwóch finałach. W lipcu 1988 roku figurował na pozycji nr 32. w rankingu deblistów.
Pernfors przeszedł do historii tenisa nie tylko dzięki swoim wynikom, ale także jako pierwszy "zwycięzca" meczu po dyskwalifikacji rywala na podstawie przepisów wprowadzonych w 1990 roku. Do tego wydarzenia doszło w IV rundzie Australian Open 1990. Rywal Pernforsa, John McEnroe, otrzymał dwa ostrzeżenia, najpierw za pogrożenie sędzinie liniowej, następnie za złamanie rakiety.