W roku 1986 Kinney został perkusistą w zespole Diamond Lie, który po roku funkcjonowania, został przekształcony w Alice in Chains.
thumb|left|Sean Kinney podczas koncertu w klubie Paradise Rock, 7 września 2009 Grupa z dużym powodzeniem zaczęła regularnie koncertować po amerykańskich klubach położonych na północno-zachodnim wybrzeżu. Dziennikarz muzyczny Jeff Gilbert napisał: „Sean Kinney na żywo bardzo przypominał styl Bonhama”. W trakcie sesji nagraniowej do albumu Facelift, Kinney swoje partie perkusji rejestrował ze złamaną ręką. Ron Champagne, który pełnił rolę inżyniera dźwięku podczas sesji, przyznał w jednej wypowiedzi, że początkowo przeprowadzano próby z innymi muzykami, między innymi Mattem Chamberlinem. Efekty jednak nie były zadowalające. „Naszą wspólną rozmowę podsłuchał Sean, który był w pokoju kontrolnym tuż obok. Wstał, udał się do studia warsztatów, gdzie z pomocą piły ściągnął gips ze swojej ręki, po czym wrócił i powiedział tylko „możemy zaczynać”. Podziwiałem go, bo za każdym razem, kiedy mocniej uderzał, widziałem na jego twarzy ogromny grymas bólu. To było całkowicie szalone” – przyznał Champagne. Aby częściowo uśmierzyć ból, Kinney zanurzał rękę w wiadrze z lodem. Po wydaniu albumu, zespół intensywnie koncertował u boku takich wykonawców jak Extreme, Iggy Pop, Megadeth, Van Halen.