1 października 2005 został zaprzysiężony na stanowisku prezydenta Gwinei Bissau, po ponad 6 latach od utraty władzy„Joao Vieira Takes Office as Guinea Bissau President”, VOA News, 1 października 2005..
28 października 2005 prezydent Vieira zdymisjonował rząd premiera Carlosa Gomesa Júniora z PAIGC, uzasadniając to potrzebą utrzymania stabilności w rządzeniu krajem. 2 listopada 2005 nowym szefem rządu mianował swojego politycznego współpracownika, Aristidesa Gomesa„GUINEA-BISSAU: President appoints controversial new prime minister”, Irin News, 2 listopada 2005..
W marcu 2007 PAIGC zawarła sojusz z Partią na rzecz Odnowy Społecznej (PRS) oraz Zjednoczoną Partią Socjaldemokratyczną (PUSD) i wspólnie z nimi przegłosowała wotum nieufności wobec rządu Gomesa„Vieira rejects calls to dissolve government „, IOL, 14 marca 2007.. 9 kwietnia 2007 nowym szefem rządu został Martinho Ndafa Kabiz PAIGC„Guinea-Bissau appoints consensus premier”, IOL, 10 kwietnia 2007..
5 sierpnia 2008, po wycofaniu się PAIGC z koalicji rządzącej prezydent Vieira rozwiązał parlament„GUINEA-BISSAU: Uncertain future as President dissolves government”, Irin News, 6 sierpnia 2008. i rozpisał nowe wybory parlamentarne na listopad 2008, które wygrała PAIGC.