Małżeństwo z Marcinem Lutrem Trzy spośród dwunastu zakonnic wróciły do swoich domów rodzinnych, dziewięć pozostałych przywieziono do domu Lutra, który zajął się poszukiwaniem dla nich mężów. Katarzyna zawarła znajomość z synem norymberskiego patrycjusza, ale jego ojciec znalazł mu lepszą partię. Luter pragnął wyswatać Katarzynę z pastorem Glatzem z Orlamünde, ale ona nie wyraziła zgody na to małżeństwo, deklarując równocześnie chęć poślubienia Lutra. Reformator poślubił Katarzynę von Bora 13 czerwca 1525. Małżonkowie zamieszkali w byłym klasztorze w Wittenberdze. 7 czerwca 1526 urodził się ich pierwszy syn – Johannes, a później jeszcze Elżbieta (10 grudnia 1527), Magdalena (4 maja 1529), Marcin (9 listopada 1531), Paweł (28 stycznia 1533) oraz Małgorzata (17 grudnia 1534). Elżbieta i Magdalena zmarły jako dzieci (odpowiednio: w wieku ośmiu miesięcy i trzynastu lat). Sam Luter niewiele zarabiał. Utrzymanie zapewniała w dużej mierze żona, wynajmując część klasztoru studentom i innym osobom, a także zapewniając im wyżywienie. Przedsiębiorcza kobieta cieszyła się szacunkiem mężczyzn: posiadała znajomość czytania i pisania, rozważała Pismo Święte.