Pierwszy etap to przyznanie przez jury 20 nominacji, spośród zgłoszonych przez wydawców książek (za formalne zgłoszenie uważane jest przesłanie dziesięciu egzemplarzy zgłaszanego tytułu na adres Fundacji Nagrody Literackiej „Nike” wraz z listą zgłaszanych książek na adres mailowy sekretarza kapituły nagrody), następnie wybór siedmiu finalistów i z tej grupy wyłaniany jest zwycięzca. Wyboru laureata Nike dokonuje jury na posiedzeniu w dniu wręczenia nagrody, w pierwszą niedzielę października.
Nagroda Literacka „Nike”, przyznawana za pojedynczą książkę, zaliczana jest do freestylowych nagród literackich, luźno zdefiniowanych regulaminowo. Postrzegana jest jako nagroda będąca „sprężyną dla książek niełatwych”.
Autor nagrodzonej książki otrzymuje statuetkę Nike zaprojektowaną przez Gustawa Zemłę oraz nagrodę pieniężną w wysokości 100 tys. złotych. Fundatorami nagrody są „Gazeta Wyborcza” i Fundacja Agory.