Do obsługi podróżnych służą 2 niskie perony – przy peronie 1, przylegającym do dworca, znajduje się duża wiata.
Historia mały|lewo|Stacja kolejowa w Prudniku (1913) Powstanie stacji w Prudniku wiązało się z rozwojem przemysłu na terenie Górnego Śląska od połowy XVIII wieku, kiedy to rządy nad regionem przejęło Królestwo Prus w wyniku zwycięskiej wojny z państwem Habsburgów. Na początku XIX wieku wraz z pojawieniem się transportu kolejowego powstały pierwsze inicjatywy połączenia regionu z Wrocławiem. Już w 1843 pojawił się pomysł budowy połączenia Wrocławia z Górnym Śląskiem, które miałoby prowadzić m.in. przez Prudnik. 12 stycznia 1853 zamierzano utworzyć połączenie kolejowe na linii Koźle–Prudnik. 10 stycznia 1866 prudnicki magistrat wydał odezwę do mieszkańców, aby ci kupowali akcje, co miało umożliwić budowę kolei przez Prudnik. Za doprowadzeniem kolei do miasta lobbowali m.in. Fränklowie, właściciele fabryki tekstylnej w Prudniku. Spółka Kolej Górnośląska 7 lipca 1869 otrzymała koncesję na budowę linii z Ząbkowic Śląskich. Budowę kolejowej magistrali podsudeckiej ukończono w 1876. Ruch towarowy na stacji w Prudniku uroczyście zainaugurowano 15 sierpnia, a pasażerski – 1 października.