6 grudnia 1789 otrzymał awans na generała-majora i dowództwo części dywizji małopolskiej, którą wysłano najpierw do Kielc i stamtąd na Wołyń. Dowodził tam pod zwierzchnictwem księcia Józefa Poniatowskiego brygadą składającą się z 7 szwadronów kawalerii i 3 batalionów piechoty, w tym jego własnych oddziałów. 29 kwietnia 1791 roku przyjął obywatelstwo miejskie w ratuszu Starej WarszawyLeon Potocki, Wincenty Wilczek i pięciu jego synów, dwa tomy w jednym, Poznań 1859, s. 143. Przyjął prawo miejskie, został członkiem Zgromadzenia Przyjaciół Konstytucji RządowejAdam Skałkowski, Towarzystwo przyjaciół konstytucji 3 maja, Kórnik, 1930, s. 69. Zimą 1791/1792 na mocy rozkazu opiekował się zbiegłymi z Rosji do Polski Tatarami. W lutym 1792 r. zdał dowództwo i udał się do Warszawy.

Czapski uczestniczył wprawdzie w wojnie polsko-rosyjskiej 1792 roku, ale nie spisał się zbyt dobrze: w bitwie pod Zieleńcami dowodząc na prawym skrzydle nie wsparł ataku gen. Mokronowskiego na siły rosyjskie gen. Morkowa, przez co udaremnił ostateczne zwycięstwo. W dalszym rozwoju wojny siedział bezczynnie na etapie, administrując bez zbytniej chęci magazynami i taborami. W lipcu 1792 r. udał się na urlop.