Francuzi liczyli, że Henryk mógłby stanąć na czele zależnego od Francji państwa irlandzkiego, jednak Theobald Wolfe Tone, protestancki przywódca republikanów, sprzeciwił się temu pomysłowi. W 1803 roku Henryk powrócił do Frascati.

Śmierć Zmarł 13 lipca 1807 roku w wieku 82 lat, po 60 latach godności kardynalskiej. Po śmierci został pochowany w bazylice św. Piotra na Watykanie. Wraz ze śmiercią Henryka Stuarta wygasła męska linia Stuartów. Prawa do korony brytyjskiej, zgodnie z popieranymi przez jakobitów legitymistycznymi zasadami sukcesji, przeszły na byłego króla Sardynii Karola Emanuela IV (praprawnuka siostry Karola II i Jakuba II i VII – Henrietty Anny).

Był ostatnim żyjącym kardynałem z nominacji Benedykta XIV. Posiadał tytuł kardynała od chwili nominacji do śmierci przez 60 lat i 10 dni – najdłużej w historii Kościoła katolickiego.

Zgodnie ze swoim testamentem, który podpisał jako „Henryk R” (czyli Rex – król), przekazał wszystkie swoje roszczenia do tronu brytyjskiego najbliższemu krewnemu i przyjacielowi, Karolowi Emanuelowi IV. Podobnie jak jego następcy, Karol Emanuel IV ani nie wysuwał roszczeń jakobickich, ani formalnie się ich nie zrzekł.