W 1899 roku przeszedł na emeryturę i powrócił do Krakowa, gdzie zajął się publicystyką, zwalczając socjalizm w Galicji i piętnując ideę wyborów powszechnych, równych i bezpośrednich, a opowiadając się za stańczykowskim programem lojalizmu, pracy organicznej i rozwoju autonomii narodowej.
W maju 1908 roku współzałożył w Zakopanem Komitet Turystyki Tatrzańskiej, którym następnie kierował. Działał także w Towarzystwie Tatrzańskim. W tym samym roku ogłosił polityczną broszurę Trzy sprawy. List otwarty do p. Stanisława Koźmiana, próbując zainicjować debatę nad kierunkiem polityki austro-węgierskiej.
Rodzina Jego żona była siostrą Leona i Edmunda Zieleniewskich. Został pochowany na cmentarzu Rakowickim w Krakowie (kwatera M–płd-zach–po prawej Haitlingerów. Jego synem był Ludwik Szczepański – literat, publicysta i dziennikarz. mały|Grób Jana Alfreda i Alfreda Szczepańskich na cmentarzu Rakowickim
Publikacje
Artur Grottger. Ustęp z dziejów sztuki polskiej, Kalina (Kraków) 1868 nr 11 Pomnik Mickiewicza. (Hymn), Dziennik Poznański 1898 nr 145 Rok Jubileuszowy, [w:] Księga Pamiątkowa jubileuszu J. I.