Śmierć thumb|300px|Jeden z trzech nagrobków Johnsona Robert Johnson zmarł 16 sierpnia 1938 roku w wieku 27 lat, niedaleko Greenwood. Pomimo iż przyczyna śmierci jest wciąż nieznana, na jej temat powstało wiele teorii, wśród których najbardziej prawdopodobna jest ta, według której Johnson został zamordowany przez męża kobiety z którą flirtował. Wersja ta potwierdzona jest poniekąd przez Sonny’ego Boy Williamsona, który widział, jak owa mężatka podała Robertowi butelkę whiskey podaną jej przez męża. Gdy Johnson wziął butelkę, Williamson próbował poradzić mu by nie pił z butelki, której sam nie otwierał. Nie słuchając tej rady przyjął następną butelkę, tym razem zatrutą. Tego samego wieczoru źle się poczuł i wrócił do domu. W ciągu następnych trzech dni jego stan zdrowia się pogarszał, przez co w rezultacie zmarł. Robert „Mack” McCormick wyznał, że odnalazł człowieka, który otruł Johnsona i z którym odbył prywatną rozmowę na ten temat, odmówił jednak podania jego nazwiska.
Dokładne miejsce pochówku Johnsona nie jest oficjalnie znane.
Dyskografia Utwory Johnsona zostały oficjalnie wydane ponad 20 lat po jego śmierci.