Pieniądze uzyskane z majątków likwidowanych klasztorów przeznaczane były na budowę kościołów i tworzenie nowych parafii, bowiem cesarz uważał, że wierny nie może mieć dalej do swojego kościoła, niż godzinę drogi od miejsca zamieszkania.
Na terenie Galicji arcybiskup lwowski obrządku łacińskiego W.H. Sierakowski, wbrew wyraźnym zaleceniom władz, nie zezwolił państwowemu komisarzowi na towarzyszenie mu w czasie jego wizytacji archidiecezji, co w innych diecezjach Cesarstwa, zwłaszcza w Galicji, w owym czasie stawało się regułąKs. Józef Krętosz, Józefiński proces budowy kościoła państwowego na terenie monarchii habsburskiej w okresie rządów cesarza Józefa II..
W szeroko zakrojone reformy oświeceniowe józefinizmu wpisywał się też patent tolerancyjny, wydany przez Józefa II 13 października 1781 r., w którym przyznano protestantom i prawosławnym pełnię praw obywatelskich i wolność wykonywania kultu religijnego, zastrzegając jednocześnie, że katolicyzm jest nadal religią panującą.
Reformy dotyczyły też Żydów. Wydane rozporządzenia ułatwiały im drogę do asymilacji, otwierając m.in. dostęp do szkół wyższych.