Za jego rządów Paweł IV nałożył na jezuitów obowiązek wspólnego odmawiania oficjum brewiarzowego w chórze oraz trzyletnią kadencyjność urzędu generała. Restrykcje te anulował już w 1559 papież Pius IV, który ponadto przyznał zakonowi w 1561 prawo nadawania stopni naukowych z filozofii i teologii.
W 1560 Laynez już jako generał zakonu był jednym z tych którzy przeforsowali pełnoprawne zakończenie soboru, wbrew cesarzowi Ferdynandowi I, który chciał rozpoczęcia nowego soboru i unieważnienia wszystkich postanowień Soboru Trydenckiego. Ostatecznie papież Pius IV zarządził 29 listopada 1560 kolejną sesję soboru, która rozpoczęła się 18 stycznia 1562. Bronił udzielania sakramentu pod jedną postacią. Pośród innych wystąpień Layneza podczas trzeciej sesji soboru były dwa najbardziej kontrowersyjne, w którym dowodził iż władza biskupa nie pochodzi bezpośrednio od Boga, a otrzymuje ją za pośrednictwem papieża (20 października 1562) i drugie, w którym podważał możliwość rozwiązywania przez Kościół nieważnych małżeństw (23 sierpnia 1563;